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Atividade
| 125561 - Processamento de Dados e Análises de Metilação Diferencial do DNA |
| Período da turma: | 24/06/2024 a 28/06/2024
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| Descrição: | Dia 1:
Introdução à epigenética Revisão de biologia molecular Papel da Epigenética na célula Tipos de mecanismos epigenéticos Especificidade celular de mecanismos epigenéticos Interação Genética vs Ambiente Metodologias de avaliação de metilação Desenho de estudo Amostras Tratamento com bissulfito Tratamento de oxidação de DNA para medir hidroximetilação Arrays de metilação Processamento de amostras e preparo de biblioteca para sequenciamento Variabilidade técnica Introdução a R e Bioconductor O que é R? Instalando R e RStudio Variáveis e objetos Operações básicas Vetores e matrizes Pacotes do R: Bioconductor Manipulação de dados Exportando dados Dia 2: Análise de array parte 1 - Análise de qualidade Tipos de array Tipos de probes Introdução a análise de componentes principais Elementos da análise de qualidade Predição Sexo biológico Cálculo p-values de deteccao Estrutura de dados Valores Beta vs M Contagem de tipo celular Predição indicativa do ato de fumar Predição de estrutura populacional Exercícios práticos Dia 3: Análise de array parte 2 - Normalização Tipos de normalização Pacotes do R para normalização de array Minfi ChAMP Meffil ENmix Análise de array parte 3 - Análise de sítios de metilação diferencial Covariantes Tipos de funções Linear regression Principais pacotes para análise de sítios de metilação diferencial Avaliação de variabilidade do perfil de metilação Exercícios práticos Dia 4: Análise de Sequenciamento Particularidades da análise de sequenciamento Methylkit Análise de qualidade Normalização Análise de sítios de metilação diferencial Análise de regiões de metilação diferencial Other packages for whole epigenome sequencing Exercícios práticos Dia 5: Análises complementares Banco de dados de metilação Como fazer download do GEO Predição de idade epigenética Análise de regiões de metilação diferencial Análise de Co-metilação e WGCNA MRS meQTL Exercícios práticos |
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| Carga Horária: |
40 horas |
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| Tipo: | Obrigatória | ||||
| Vagas oferecidas: | 30 | ||||
| Ministrantes: |
Cibele Edom Bandeira Diego Luiz Rovaris Lucas Miguel de Carvalho Luciana Souto Mofatto Sheila Tiemi Nagamatsu |
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