Evolução Viral
Virus Evolution
Área de Concentração: 10134
Concentration area: 10134
Criação: 10/06/2024
Creation: 10/06/2024
Ativação: 10/06/2024
Activation: 10/06/2024
Nr. de Créditos: 4
Credits: 4
Carga Horária:
Workload:
Teórica (por semana) |
Theory (weekly) |
Prática (por semana) |
Practice (weekly) |
Estudos (por semana) |
Study (weekly) |
Duração | Duration | Total | Total |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10 | 0 | 0 | 6 semanas | 6 weeks | 60 horas | 60 hours |
Docentes Responsáveis:
Professors:
Paulo Eduardo Brandão
Guido Alberto König
Objetivos:
Conhecer distintas estratégias de replicação viral e sua influência na evolução. Compreender as metodologias de sequenciamento de DNA e suas vantagens e desvantagens. Entender os fundamentos das análises filogenéticas mais usadas e seus alcances. Estudar a evolução dos vírus através de exemplos na literatura.
Objectives:
To get to know the diverse viral replication strategies and their influence on evolution. To understand DNA sequencing methods and their pros and cons. To understand the basis of the most commonly used phylogenetic analyses and their uses. To study virus evolution based on examples in publications.
Justificativa:
A evolução das técnicas de caracterização genômica e de sequenciamento é permanente, assim como a baixa nos custos que a façam cada vez mais acessível. Isto, junto aos novos desenvolvimentos em bioinformática trazem fundamentais novas ferramentas para o estudo da evolução viral e análises filogenéticas. Conhecer e atualizar-se nestes campos da biologia é fundamental para os profissionais e cientistas atuantes na área das doenças infecciosas.
Rationale:
The evolution of genome analysis techniques and DNA sequencing is in a constant evolution, as well as the decrease in their cost, making then more accessible. Furthemore, new developments in Bioinformatics bring core new tools to studies on virus evolution and phylogeny. Knowing and being updated in these fields of Biology is of chief importance for professionals and scientists working on infectious diseases.
Conteúdo:
1- Vírus: classificação segundo o material genômico, replicação e taxa de erro. 2- Metodologias de sequenciamento de DNA. 3- Metodologias de análises filogenéticas. Alinhamento. Distancias. Parcimônia. Máxima Verossimilhança. Bayesiana. 4- Exemplos: Virus de DNA. 5- Exemplos: Picornavirus. 6- Exemplos: Coronavirus. 7- Exemplos: Arbovirus.
Content:
1- Virus: taxonomy according to genome class, replication and error rate. 2- DNA sequencing techniques. 3- Phylogenetic analysis: Alignments. Distance. Parsimony. Maximum Likelihood. Bayesian Method. 4- Examples: DNA viruses. 5- Examples: Picornavirus. 6- Examples: Coronavirus. 7- Examples: Arbovirus.
Forma de Avaliação:
A nota final da disciplina será calculada a partir da fórmula: Nota final = (avaliação do seminário × 0,3) + (avaliação do estudo dirigido × 0,7). A nota final será transformada em conceito final, conforme: - Conceito A: Excelente - de 9,0 a 10; - Conceito B: Bom - de 8,0 a 8,9; - Conceito C: Regular - de 7,0 a 7,9; - Conceito R: Reprovado por nota, menor de 7,0 e/ou por frequência, quando menor que 75%.
Type of Assessment:
The final grade for the course will be calculated using the formula: Final grade = (seminar evaluation × 0.3) + (directed study evaluation × 0.7). The final grade will be converted into a final concept, as follows: •Concept A: Excellent - from 9.0 to 10; •Concept B: Good - from 8.0 to 8.9; •Concept C: Regular - from 7.0 to 7.9; •Concept R: Failed due to grade, less than 7.0 and/or due to attendance, when less than 75%.
Bibliografia:
KNIPE, D.M.; HOWLEY, P.M. (Eds.). Fields Virology. 6th ed. Philadelphia:Lippincott Williams & Wilkins, 2013. 2456 p. The Phylogenetic Handbook. A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing. 2nd ed. Edited by Philippe Lemey, Marco Salemi, Anne-Mieke Vandamme. Cambridge University Press. June 2012. DOI:https://doi.org/10.1017/CBO9780511819049. PLoS Pathogens, Journal of Virology, Journal of Molecular Biology, Archives of Virology, Virology, Journal of Clinical Virology, Journal of General Virology, Antiviral Research, Journal of Virological Methods, Virus Research, Vaccine etc
Bibliography:
KNIPE, D.M.; HOWLEY, P.M. (Eds.). Fields Virology. 6th ed. Philadelphia:Lippincott Williams & Wilkins, 2013. 2456 p. The Phylogenetic Handbook. A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing. 2nd ed. Edited by Philippe Lemey, Marco Salemi, Anne-Mieke Vandamme. Cambridge University Press. June 2012. DOI:https://doi.org/10.1017/CBO9780511819049. PLoS Pathogens, Journal of Virology, Journal of Molecular Biology, Archives of Virology, Virology, Journal of Clinical Virology, Journal of General Virology, Antiviral Research, Journal of Virological Methods, Virus Research, Vaccine etc
Tipo de oferecimento da disciplina:
Presencial
Class type:
Presencial